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菌種的培養

在檸檬酸的工業生產中都采用微生物發酵法，而有價值的只有幾種曲霉菌和酵母菌，其中黑曲霉菌是工業中具有競爭力的菌種，酵母中競爭力強的有解脂假絲酵母和季也蒙赤酵母等。

黑曲霉是在瓊脂上培養的，在瓊脂上成局限菌落，在室溫下培養10~14天，成為豐富密集的孢子梗，菌落為黑色，有時也為深褐黑色。考慮到檸檬酸生產菌應具有產酸能力強和耐檸檬酸濃度高的特點，可采用酸性濾紙法、變色圈法和單孢子移植法將黑曲霉分離出來，以避免其他雜菌干擾，使其成為生產檸檬酸用黑曲霉。

酵母的培養可用于檸檬酸生產的酵母有解脂假絲酵母和季也蒙假絲酵母2種。前者有很強的分解脂肪的能力，較好的炭源是正烷烴。后者可由烷烴發酵生成檸檬酸，也可由糖類發酵生成檸檬酸，酵母發酵pH值為3.5~4.0。